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Embora a matemática e a lógica sejam indispensáveis à ciência, estas não são - aos rigores do método científico - ciências.
Já na Grécia antiga os filósofos pré-socráticos discutiam se iriam atingir a verdade através das palavras ou dos números. Os sofistas defendiam que iriam atingir a verdade através das palavras. Os pitagóricos, seguidores de Pitágoras, defendiam que atingiriam a verdade através dos números.
Aristóteles formalizou o pensamento lógico dedutivo. Na Idade Média, o pensamento lógico dedutivo foi usado em abundância pelos filósofos escolásticos e o resultado foi um total vazio científico durante essa época. Francis Bacon, na Renascença, afirmava que A lógica de Aristóteles é ótima para criar brigas e contendas, mas totalmente incapaz de produzir algo de útil para a humanidade.
Sócrates, Platão e Demócrito defendiam que somente a matemática traz clareza ao pensamento.
O pensamento lógico alheio ao fato experimental já se demonstrou ineficiente para criação de teorias científicas e para descrever a natureza. René Descartes, já afirmava que: Matemática é uma ferramenta para se fazer ciência, mas não é uma ciência. Isso ocorre, pois palavras e números não existem na natureza, portanto não são ciência. Mas a matemática já se mostrou e é contudo ótima ferramenta para o estudo e formulação de teorias científicas. A rigor, matemática e lógica não são ciências, contudo, dada as suas aplicações dentro da ciência, são indispensáveis para se fazer ciência. A matemática - incluso a lógica - é a linguagem com a qual se descreve a natureza.